一般情况下，发生生化妊娠的原因：
受精卵本身有缺陷
一般认为胚胎染色体异常可能是导致生化妊娠的主要原因。怀孕前三个月早期流产中，有超过50%的流产原因是染色体异常。
卵巢黄体功能不好
黄体不好，导致黄体酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵在子宫内的着床。
子宫因素
子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响着受精卵的着床。
遗传因素
由于遗传因素导致染色体数目或结构异常，导致胚胎发育不良，发育不良的胚胎会自然流产掉。胚胎发育不良中，遗传因素占60%~70%。
外界因素影响
女性在不知道自己怀孕的情况下吸烟(包括吸二手烟)、饮酒、接触化学性毒物、严重的噪声和震动、情绪异常激动、高温环境等，可导致胎盘和胎儿损伤，造成流产。
疾病病毒
女性怀孕后生病，体内感染疾病病毒，病毒会对受精卵宝宝造成影响，影响其发育，会造成流产。
生化妊娠是否是坏事? 优胜劣汰的自然选择
对备孕很久的姐妹们来说，宝宝自然流产的确可惜，但从某种意义上说，这种自然流产也未必不是好事，如果是发育不良的胚胎，自然流产可以减少畸形儿的出生，如果是女性本身的条件不适合孕育，也不能勉强胎儿在里面发育。
因为自然流产的原因有很多，孕卵或胚胎发育异常可能是主要因素。根据调查，在妊娠头三个月内自然流产的胚胎中，形态异常的超过70%。孕卵异常可能因精子和卵子的缺陷所致，包括其染色体数目及结构的异常。换言之，绝大多数病态的胎宝宝经流产而被自然淘汰。所以说流产在某种意义上是一种优胜劣汰的自然选择。
盲目保胎不可取
有些姐妹会认为好不容易怀上了，怎么能说流就流了呢?就极力保胎。但是从优生角度上看，这种做法并不可取，尤其对年轻夫妇而言，盲目保胎可能会生下畸形胎儿或今后智力发育落后的孩子。